Bioinformàtica Estructural i Biologia de Xarxes
Patrick Aloy
Group Leader
ICREA Research Professor
Tel Oficina : +34 93 403 96 90
correu-e : paloy
irbbarcelona.org
Introducció
Les tendències actuals en biologia molecular i cel·lular ja no estan centrades en macromolècules específiques, sinó que s'investiguen xarxes metabòliques i de senyalització, grans complexos multimèrics i, fins i tot, organismes sencers. Els nombrosos projectes de seqüenciació genòmica han proporcionat una llista gairebé completa dels components que estan presents en un organisme, i els projectes post-genòmics s’han marcat per objectiu la catalogació de les seves relacions.
El camp emergent de la biologia de sistemes centra bàsicament la seva atenció en desentramar aquestes relacions. Per exemple, la comprensió de les rutes de senyalització o les xarxes de regulació dels gens rau en un coneixement exhaustiu de les interaccions proteïna-metabòlit, proteïna-proteïna i proteïna-àcid nucleic.
Malgrat els importants avanços, la majoria de les dades disponibles només proporcionen informació sobre les molècules que interaccionen, sense donar detalls sobre els mecanismes d'interacció. La plena comprensió d'aquests mecanismes, requereix del coneixement de les seves estructures tridimensionals (3-D) i dels detalls atòmic-moleculars que caracteritzen cada interacció. Informació precisa sobre aquests detalls permetran un disseny més racional de experiments dirigits a alterar una interacció i, per tant, pertorbar qualsevol sistema en el qual estigui implicada.
Línies de Recerca
El nostre interès científic es centra en el camp de la bioinformàtica estructural, i més concretament, en l’ús d’estructures de 3D d’alta resolució com a mitjà per descobrir les bases moleculars de com operen els grans complexes moleculars i les xarxes cel·lulars.
Finançament
Aquest grup de recerca rep finançament de les següents institucions:
- Comissió Europea
- ICREA (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Més informació
Bioinformàtica Estructural i Biologia de Xarxes
Novel peptide-mediated interactions derived from high-resolution 3-dimensional structures
Stein A and Aloy P
PLoS Comput Biol, 6 (5), e1000789 (2010)
Unveiling the role of network and systems biology in drug discovery
Pujol A, Mosca R, Farrés J and Aloy P
Trends Pharmacol Sci, 31 (3), 115-123 (2010)
Structure of the FoxM1 DNA-recognition domain bound to a promoter sequence
Littler DR, Alvarez-Fernández M, Stein A, Hibbert RG, Heidebrecht T, Aloy P, Medema RH and Perrakis A
Nucleic Acids Res, 38 (13), 4527-4538 (2010)
Predicting protein-protein interaction specificity through the integration of three-dimensional structural information and the evolutionary record of protein domains
Panjkovich A and Aloy P
Mol Biosyst, 6 (4), 741-749 (2010)
Dynamic interactions of proteins in complex networks: a more structured view
Stein A, Pache RA, Bernadó P, Pons M and Aloy P
FEBS J, 276 (19), 5390-5405 (2009)
Splitting statistical potentials into meaningful scoring functions: testing the prediction of near-native structures from decoy conformations
Aloy P and Oliva B
BMC Struct Biol, 9, 71 (2009)
A network medicine approach to human disease
Zanzoni A, Soler-López M and Aloy P
FEBS Lett, 583 (11), 1759-1765 (2009)
Exploiting gene deletion fitness effects in yeast to understand the modular architecture of protein complexes under different growth conditions
Pache RA, Babu MM and Aloy P
BMC Syst Biol, 3, 74 (2009)
Pushing structural information into the yeast interactome by high-throughput protein docking experiments
Mosca R, Pons C, Fernández-Recio J and Aloy P
PLoS Comput Biol, 5 (8), e1000490 (2009)
3did Update: domain-domain and peptide-mediated interactions of known 3D structure
Stein A, Panjkovich A and Aloy P
Nucleic Acids Res, 37, D300-304 (2009)
Incorporating high-throughput proteomics experiments into structural biology pipelines: identification of the low-hanging fruits
Pache RA and Aloy P
Proteomics, 8 (10), 1959-1964 (2008)
Towards a molecular characterisation of pathological pathways
Pache RA, Zanzoni A, Naval J, Mas JM and Aloy P
FEBS Lett, 582 (8), 1259-1265 (2008)
A molecular interpretation of genetic interactions in yeast
Stein A and Aloy P
FEBS Lett, 582 (8), 1245-1250 (2008)
Approved drug mimics of short peptide ligands from protein interaction motifs
Parthasarathi L, Casey F, Stein A, Aloy P and Shields DC
J Chem Inf Model, 48 (10), 1943-1948 (2008)
Contextual specificity in peptide-mediated protein interactions
Stein A and Aloy P
PLoS ONE, 3 (7), e2524 (2008)
Targeting and tinkering with interaction networks
Russell RB and Aloy P
Nat Chem Biol, 4 (11), 666-673 (2008)
Shaping the future of interactome networks
Aloy P
Genome Biol, 8 (10), 316 (2007)
Structural systems biology: modelling protein interactions
Aloy P and Russell RB
Nat Rev Mol Cell Biol, 7 (3), 188-197 (2006)
Proteome survey reveals modularity of the yeast cell machinery
Gavin AC, Aloy P et al
Nature, 440 (7084), 631-636 (2006)
Target selection for complex structural genomics
Bravo J and Aloy P
Curr Opin Struct Biol, 16 (3), 385-392 (2006)
Discovery and hypothesis generation through bioinformatics
Dopazo J and Aloy P
Genome Biol, 7 (2), 307 (2006)
Ten thousand interactions for the molecular biologist
Aloy P and Russell RB
Nat Biotechnol, 22 (10), 1317-1321 (2004)
Structure-based assembly of protein complexes in yeast
Aloy P et al
Science, 303 (5666), 2026-2029 (2004)
Interrogating protein-interaction networks through structural biology
Aloy P and Russell RB
Proc Natl Acad Sci USA, 99 (9), 5896-5901 (2002)
Bioinformàtica Estructural i Biologia de Xarxes
Patrick Aloy
Group Leader
ICREA Research Professor
Tel Oficina : +34 93 403 96 90
correu-e : paloyirbbarcelona.org
Research Associate
Roberto Mosca
tel +34 93 403 96 89
roberto.moscairbbarcelona.org
Research Assistant
José Luis Ruiz Camarero
tel + 34 93 403 96 89
jose.ruizirbbarcelona.org
Postdoctoral Fellows
Andreas Zanzoni
tel + 34 93 403 96 89
andreas.zanzoniirbbarcelona.org
Guillermo Suñé
tel +34 93 403 93 89
guillermo.suneirbbarcelona.org
Albert Pujol
tel +34 93 403 96 89
albert.pujolirbbarcelona.org
Joan López
tel +34 93 403 96 89
joan.lopezirbbarcelona.org
Arnaud Ceol
tel + 34 93 403 96 89
arnaud.ceolirbbarcelona.org
Amelie Stein
tel +34 93 403 96 89
amelie.steinirbbarcelona.org
PhD Students
Roland Pache
tel + 34 93 403 96 89
roland.pacheirbbarcelona.org
Manuel Alejandro Alonso Tarajano
tel +34 93 403 96 89
manuel.alonsoirbbarcelona.org
Tiago Oliveira Botelho
tel +34 93 403 96 89
tiago.oliveirairbbarcelona.org
Rodrigo Arroyo
tel +34 93 402 02 28
rodrigo.arroyoirbbarcelona.org
Lab Technician
Ricart Lluís i Mir
tel +34 93 402 02 28
ricart.lluisirbbarcelona.org
Bioinformàtica Estructural i Biologia de Xarxes
RSS
