L’IRB Barcelona coordina un projecte Horizon2020 en bioinformàtica per posar ordre en el camp emergent de la genòmica 3D.
La genòmica 3D ofereix informació de l’estructura que adopta l’ADN replegat dins la cèl·lula, com varia en el temps i per resposta a condicions cel·lulars. Modesto Orozco, coordinador: “La visió 3D ens ha de permetre relacionar millor els canvis al genoma amb les patologies associades, perquè amb la informació 1D, tot i ser rellevant, no n’hi ha prou.”
L’objectiu a tres anys vista és oferir un paquet de mètodes i bases de dades integrades per guardar i processar els estudis en genòmica 3D.
El consorci europeu el comprenen sis institucions internacionals líders en el desenvolupament de metodologia i visualització de genòmica 3D.
Diversos mitjans han explicat el llançament de la plataforma de simulacions d'ADN creada pel laboratori de Modesto Orozco de l'IRB Barcelona en col·laboració amb diversos laboratoris internacionals.
El treball publicat a Nature Methods, ofereix accés lliure a través de la web: http://mmb.irbbarcelona.org/ParmBSC1/
El mètode de simulació desenvolupat en el laboratori de Modesto Orozco permet estudiar canvis estructurals de l'ADN i la seva interacció amb proteïnes i fàrmacs amb una "exactitud mai abans aconseguida".
Totes les simulacions i la seva anàlisi estan allotjats a la primera plataforma de simulacions atomístiques d'àcids nucleics desenvolupada fins ara.
La plataforma és lliure i accessible a tota la comunitat científica dins de la infraestructura de l'Institut Nacional de Bioinformàtica i la xarxa europea ELIXIR-Excellerate.
Entendre millor com l'ADN és reconegut per proteïnes que modulen la seva funció, o pels fàrmacs que se li uneixen per exercir un efecte terapèutic, són algunes de les utilitats del nou mètode, que permetrà avançar en la comprensió de la funcionalitat biològica de l'ADN.
El blog de divulgació científica Sharp Minds publica una entrevista amb Modesto Orozco sobre les seves motivacions i la feina que fa a l’IRB Barcelona en bioinformàtica i supercomputació, camp en el qual és referent internacional.
Un estudi fet en col·laboració amb el CSIC, l’IRB Barcelona, el BSC i la UB ofereix un nou mètode per fer un seguiment més net de proteïnes dins les cèl·lules
Les proteïnes diana marcades amb inntags no mostren pertorbacions de funció ni localització detectables
La publicació Nature Middle East entrevista Modesto Orozco, cap de grup de l’IRB Barcelona, director de Ciències de la Vida del BSC-CNS i catedràtic de la UB. Orozco parla de la recent publicació a Nature Methods de l’estudi sobre els inntags, un nou mètode desenvolupat en col·laboració amb el CSIC, l’IRB Barcelona, el BSC i la UB per estudiar les proteïnes.
Veure l’entrevista a Nature Middle East (en anglès)
La revista Genetic Engineering & Biotechnology News (GEN), així com altres mitjans, publica una notícia sobre l’article publicat recentment a the Journal of the American Chemical Society (JACS) per un grup de científics liderat per Modesto Orozco, cap de grup de l’IRB Barcelona, director de Ciències de la Vida del BSC-CNS i catedràtic de la UB. Aquest grup, composat per científics de l’IRB Barcelona, la Universitat de Cambridge i la Universitat de Nova York, ha descobert el mecanisme molecular pel qual certes marques epigenètiques influeixen en l’expressió de gens.
Llegir l’article a...
El País recull la notícia sobre el projecte anunciat pel president dels Estats Units, Barack Obama, per construir un supercomputador capaç de realitzar un trilió de càlculs per segon. L’article inclou declaracions de Modesto Orozco, cap de grup de l’IRB Barcelona, director de Ciències de la Vida del BSC-CNS i catedràtic de la UB, que opina sobre les repercussions que aquest projecte podria tenir en el camp de la recerca biomèdica.
Llegir l’article a El País (en castellà)
Investigadors de l’IRB Barcelona descobreixen el mecanisme molecular pel qual marques epigenètiques influeixen en l’expressió dels gens
La combinació de dos forts desnaturalitzants d'ADN condueix a l'estabilització de l'estructura.
És una troballa inesperada que obre nous camps en l'ús biotecnològic de l'ADN
