Genome Data Science news

<p>The discovered type of diffuse hypermutation is called "mutation fog". (Dave Hoefler, Unsplash)</p>
4 Ago 2020

El mecanismo desvelado desencadena una niebla de mutaciones, que causa cientos de lesiones en el ADN que se propagan a través del genoma de los cánceres de pulmón, de cabeza y cuello y de mama.

Investigadores del laboratorio Genome Data Science del IRB Barcelona han identificado la enzima antiviral APOBEC3A como la principal causa de este nuevo tipo de hipermutación.

Publicado en Nature Genetics, el estudio muestra cómo la niebla de mutaciones genera un gran número de mutaciones oncogénicas, acelerando así el desarrollo de los tumores.

<p>Marina Salvadores, PhD student at IRB Barcelona and first author of the study published in Science Advances.</p>
3 Jul 2020

Marina Salvadores, estudiante de doctorado en el Genome Data Science Laboratory del IRB Barcelona, ​​es la primera autora de un estudio que acaba de publicarse en la revista Science Advances. El trabajo revela que alrededor del 81% de las líneas celulares que se utilizan para estudiar el cáncer muestran un alto grado de similitud con el tumor de origen. Este hallazgo implica que el 18% restante difiere considerablemente del tumor al que supuestamente representan, y el 7% coincide con un tipo de cáncer distinto. El grupo también ha...

2 Jul 2020

El 7% de las 614 líneas celulares estudiadas, se parece mucho a un tipo de cáncer distinto del cual teóricamente procede.

El laboratorio Genome Data Science del IRB Barcelona ha elaborado una lista de referencia de 366 líneas celulares en las que el patrón genético se corresponde adecuadamente al tipo de tumor al que pretende emular.

El trabajo, publicado en la revista Science Advances, muestra que los estudios que utilizan las líneas celulares de la lista de referencia tienen una mayor tasa de éxito.

 

<p>Predictive decision trees optimized to decide if a cancer mutation will become visible to the immune system. Rik G.H. Lindeboom, Radboud University.</p>
25 Nov 2019

RTVE, el periódico Heraldo de Aragón y el diario especializado en salud Diario Médico, entre otros medios, ha compartido la noticia del nuevo algoritmo desarrollado por investigadores del IRB Barcelona, en colaboración con el Centro de Regulación Genómica y la Universidad de Radboud, que permite identificar qué pacientes de cáncer pueden beneficiarse de un tratamiento de inmunoterapia. Basándose en machine learning, los investigadores han creado una herramienta que detecta las mutaciones genéticas que activan el sistema inmunitario. Además, este algoritmo también revela qué personas con determinadas enfermedades hereditarias podrían beneficiarse de un...

<p>Fran Supek, head of the Genome Data Science laboratory at IRB Barcelona</p>
13 Nov 2019

Fran Supek inició en 2017 su propio grupo de investigación en el IRB Barcelona, dedicado a estadística genómica.

A través del programa EMBO Young Investigator,  el EMBO identifica y da apoyo a los mejores jóvenes investigadores en ciencias de la vida.

<p>Predictive decision trees optimized to decide if a cancer mutation will become visible to the immune system. Rik G.H. Lindeboom, Radboud University.</p>
29 Oct 2019

Mediante el uso de machine learning, los investigadores han creado una herramienta que detecta las mutaciones genéticas que activan el sistema inmunitario, lo que contribuye a identificar qué pacientes con cáncer tienen más probabilidades de beneficiarse de la inmunoterapia.

El algoritmo también revela qué personas con determinadas enfermedades hereditarias podrían beneficiarse de un tipo de medicamentos ya existentes.

El potencial de la nueva tecnología se describe hoy en Nature Genetics por parte de investigadores del IRB Barcelona, el Centro de Regulación Genómica y la Universidad de Radboud.

<p>A invasive front of highly aggressive tumour cells (in green). Confocal microscopy image. Alexandra Avgustinova, IRB Barcelona.</p>
28 Dic 2018

El portal web Hidden Nature ha publicado un artículo sobre las 10 áreas de investigación más importantes del 2018. Una de ellas alude a las terapias epigenéticas y hacen referencia al estudio publicado en Nature Cell Biology, liderado por Salvador Aznar Benitah y Fran Supek del IRB Barcelona, que concluye  que hay que tener cuidado con los fármacos que inhiben los factores epigenéticos dado que podrían originar la aparición de tumores agresivos.

Enlace a Hidden Nature

<p>Image: IRB Barcelona</p>
21 Nov 2018

La Vanguardia, Cope y Revista Genética, entre otros medios, han publicado un artículo sobre la última investigación liderada por los investigadores ICREA Salvador Aznar Benitah y Fran Supek, que sugiere que hay que tener especial atención con los fármacos que inhiben los factores epigenéticos: el efecto antitumoral puede ser positivo al principio, pero podría desembocar más adelante en la aparición de tumores más agresivos.

Enlace a La Vanguardia

Enlace a...

<p>A invasive front of highly aggressive tumour cells (in green). Confocal microscopy image. Alexandra Avgustinova, IRB Barcelona.</p>
19 Nov 2018

Un equipo liderado por los investigadores ICREA, Salvador Aznar Benitah y Fran Supek concluye que hay que tener cuidado con los fármacos que inhiben los factores epigenéticos.

Publicada en Nature Cell Biology, la investigación es una colaboración entre un laboratorio biomédico y uno computacional del IRB Barcelona.

<p>Fran Supek, head of the Genome Data Science group</p>
16 Nov 2018

Desde 2017, el científico croata lidera un equipo de diez personas en el laboratorio Genome Data Science.

El IRB Barcelona acoge, con Supek, 14 profesores de investigación ICREA.