Programes de Recerca
Biologia Estructural i Computacional
RMN molecular: estructura i dinàmica de les proteïnes i complexos de proteïnes
Miquel Pons
Cap de Grup
Professor (Organic Chemistry Dept. - UB)
Tel Oficina : +34 93 40 34683
Tel Lab : +34 93 403 46 77 / +34 93 403 71 32
correu-e : miquel.pons
irbbarcelona.org
Introducció
La ràpida formació i remodelació d’interaccions proteïna-proteïna exerceix una funció crucial en els processos de regulació. Aquestes interaccions han de ser dèbils per ser dinàmiques. Aquest aspecte introdueix una complexitat addicional que es deriva de la coexistència d’equilibris entre formes lliures i lligades però que obre grans oportunitats perquè les interaccions dèbils poden ser dianes farmacològiques.
Camps d'Investigació
El nostre equip utilitza la ressonància magnètica nuclear (RMN) i d’altres mètodes biofísics, així com tècniques de biologia molecular i enfocaments computacionals per a estudiar els principis que regeixen les interaccions reguladores entre macromolècules.
Línies de Recerca
Quinases i fosfatases involucrades en vies de senyalització. El nostre grup està estudiant el paper intrínsecament desordenat del domini únic del c-Src humà, una tirosina quinasa involucrada en un gran nombre de cascades de senyalització. Aquest domini és responsable de l’especificitat dels diferents membres de la família quinasa c-Src. També treballem amb tirosina fosfatases de baix pes molecular que inverteixen l’acció de les quinases. En particular, ens hem centrat en la contribució de les autoassociacions dèbils de fosfatases a la seva regulació així com en els efectes de l’aglomeració macromolecular en la cèl·lula.
Proteïnes associades al nucleòtid i regulació de la patogenicitat bacteriana. La comunitat de bacteris simbiòtics és necessària per la salut humana, tot i que els bacteris també poden representar una amenaça, sobretot a causa de la seva creixent resistència als antibiòtics. El grup enterobacteriaceae inclou patògens de Yersinia, Salmonella i Escherichia, entre d’altres. L’èxit d’aquests patògens està lligat a la seva capacitat de regular selectivament gens adquirits horitzontalment, que inclouen les principals fonts de virulència i resistència antibiòtica. Les proteïnes associades al nucleòtid són les responsables d’aquesta regulació selectiva. Un coneixement complet d’aquest procés oferiria la possibilitat de desenvolupar una estratègia sostenible per a combatre malalties infeccioses a través de la prevenció de virulència sense la necessitat de l’ús extensiu d’antibiòtics.
Explorar la riquesa de l’espai químic per al disseny de fàrmacs. La col·lecció disponible a PubChem sobrepassa els 26 milions de compostos. Es tracta d’una base de dades que, gràcies a les seves dimensions, ofereix una oportunitat ideal per a trobar candidats farmacològics. El rastreig d’un nombre tan elevat de compostos és, no obstant, un repte. Amb l’objectiu d’augmentar l’eficàcia en la recerca, estem explorant el concepte d’espai químic per tal d’identificar relacions funcionals entre molècules. A través de mètodes LINGO, desenvolupats en el nostre grup, estem construint les “pàgines grogues” de PubChem a partir de l’agrupament d’aquelles molècules que tinguin propietats funcionals biològiques similars. Aquesta aproximació computacional ofereix una estratègia de rastreig virtual altament eficient, que es complementa amb mètodes experimentals.
Metodologia. Com a grup de referència de la Plataforma Nacional de RMN a Gran Escala, situada a Barcelona, contribuïm activament al desenvolupament i implementació de noves metodologies en RMN. En concret, l’equip està treballant en la Polarització Nuclear Dinàmica i l’ús combinat de RMN i dispersió de raigs X de petit angle (SAXS).
Finançament
Aquest grup de recerca rep finançament de les següents institucions:
- Ministerio de Educación y Ciencia
- Generalitat de Catalunya
- Fundació Marató de TV3
- European Science Foundation
RSS
facebook
YouTube
