Modelització molecular i bioinformàtica
Modesto Orozco
Cap de Grup
Professor (Biochemistry and Molecular Biology Dept. - UB)
Tel Oficina : +34 93 40 37156
Tel Lab : +34 93 403 71 55
correu-e : modesto.orozco
irbbarcelona.org
Camps d'Investigació
Centrem la nostra recerca en l’estudi dels processos de reconeixement cel·lular d’importància biològica, tant des del punt de vista metodòlogic com aplicacional. Els temes principals són les estructures no estàndard dels àcids nucleics, les propietats dinàmiques de les macromolècules i el reconeixement proteïna-lligand i proteïna-proteïna.
Línies de Recerca
Aspectes metodològics
- Anàlisi de l’efecte del solvent en el reconeixement molecular. Es comparen mètodes continus i mètodes basats en simulacions amb solvent explícit.
- Ajustament de la parametrització de simulacions de dinàmica molecular.
Estudis en models petits
- Estudis teòrics en sistemes model petits de gran impacte biològic. Inclou, entre d’altres, processos tautomèrics i isomerisme, interaccions d’apilament, interaccions electrostàtiques i enllaços d’hidrogen, interaccions π-catió i els mecanismes generals de reconeixement molecular.
Estudis en proteïnes
- Estudiem la base de les interaccions de les proteïnes, incloent-hi les de rellevància farmacològica. A banda, desenvolupem mètodes per a examinar tant el reconeixement proteïna-proteïna com proteïna-lligand.
- Analitzem la flexibilitat de la proteïna utilitzant simulacions de dinàmica molecular.
Estudis en àcids nucleics
- Utilitzem dinàmica molecular i mecànica estadística per a examinar les formes anòmales dels àcids nucleics. Centrem una atenció especial en l’estudi de les transicions conformacionals en l’ADN, les interaccions entre fàrmacs i l’ADN, i l’anàlisi d’hèlixs triples i altres estructures d’impacte potencial en teràpies antigen i antisens.
Bioinformàtica
- Anàlisi de dades sobre l’ADN genòmic per a identificar les regions amb estructures inusuals o amb propietats mecàniques no convencionals.
- Desenvolupament d’algorismes per a la predicció del caràcter patològic dels polimorfismes de nucleòtids simples.
Estudi estructural d'splicing en proteïnes
Finançament
Aquest grup de recerca rep finançament de les següents institucions:
- Fundación Ramón Areces
- Ministerio de Educación y Ciencia
- Fundación BBVA
- CIRIT – Generalitat de Catalunya
- Comissió Europea
Més informació
Modelització molecular i bioinformàtica
© Photos by Gianluca Battista/Massimiliano Minocri
Modesto Orozco
Cap de Grup
Professor (Biochemistry and Molecular Biology Dept. - UB)
Tel Oficina : +34 93 40 37156
Tel Lab : +34 93 403 71 55
correu-e : modesto.orozco
irbbarcelona.org
Investigadors Associats
Agustí Emperador
tel +34 93 40 34707
e-mail: agusti.emperador
irbbarcelona.org
Josep Ll. Gelpí
tel +34 93 40 34707
e-mail: josep.gelpi
irbbarcelona.org
Manuel Rueda
tel +34 93 40 37155
e-mail: manuel.rueda
irbbarcelona.org
Investigadors Postdoctorals
Andreu Alibés
tel +34 93 40 37155
e-mail: andreu.alibes
irbbarcelona.org
Federica Battistini
tel +34 93 40 37155
e-mail: federica.battistini
irbbarcelona.org
Guillem Portella
tel +34 93 40 34707
e-mail: guillem.portella
irbbarcelona.org
Nadine Simone Utz
tel +34 93 40 39073
e-mail: nadine.utz
irbbarcelona.org
Pablo Ignacio Daniel Dans
tel +34 93 40 37155
e-mail: pablo.dans
irbbarcelona.org
Rima Chaudhuri
tel +34 93 40 37155
e-mail: rima.chaudhuri
irbbarcelona.org
Robert Soliva
tel +34 93 40 37155
e-mail: robert.soliva
irbbarcelona.org
Rosana Collepardo
tel +34 93 40 37155
e-mail: rosana.collepardo
irbbarcelona.org
Samira Jaeger
tel +34 93 40 37155
e-mail: samira.jaeger
irbbarcelona.org
Estudiants de Doctorat
Annalisa Arcella
tel +34 93 40 37155
e-mail: annalisa.arcella
irbbarcelona.org
Elisa Durán
tel +34 93 40 20228
e-mail: elisa.duran
irbbarcelona.org
Ignacio Faustino
tel +34 93 40 37155
e-mail: ignacio.faustino
irbbarcelona.org
Ivan Ivani
tel +34 93 40 37155
e-mail: ivan.ivani
irbbarcelona.org
Laura Orellana
tel +34 93 40 37155
e-mail: laura.orellana
irbbarcelona.org
Michela Candotti
tel +34 93 40 37155
e-mail: michela.candotti
irbbarcelona.org
Oscar Flores
tel +34 93 40 37155
e-mail: oscar.flores
irbbarcelona.org
Ozgen Deniz
tel +34 93 40 20228
e-mail: ozgen.deniz
irbbarcelona.org
Pedro Sfriso
tel +34 93 40 37155
e-mail: pedro.sfriso
irbbarcelona.org
Estudiants de Màster
Marco Paulo Seco
tel +34 93 40 37155
e-mail: marco.seco
irbbarcelona.org
Ajudants a la Investigació
Adam Hospital
tel +34 93 40 37155
e-mail: adam.hospital
irbbarcelona.org
Chiara Lara Castellazzi
tel +34 93 40 20228
e-mail: chiara.castellazzi
irbbarcelona.org
Floriane Montanari
tel +34 93 40 37155
e-mail: floriane.montanari
irbbarcelona.org
José Antonio Alcántara
tel +34 93 40 37155
e-mail: jose.alcantara
irbbarcelona.org
Pedro Manuel Martínez
tel +34 93 40 37155
e-mail: pedromanuel.martinez
irbbarcelona.org
Assistent Administrativa
Margarita Pedro
tel +34 93 40 37155
e-mail: margarita.pedro
irbbarcelona.org
Investigadors Visitants
Athi Narayanan Naganathan
tel +34 93 40 39073
e-mail: athi.naganathan
irbbarcelona.org