Bioinformática estructural
Patrick Aloy
Investigador Principal
ICREA Research Professor
Tel Oficina : +34 93 403 96 90
correo-e : paloy
irbbarcelona.org
Introducción
Las tendencias actuales en biología molecular y celular ya no están centradas en macromoléculas específicas, sino que investigan redes metabólicas y de señalización, grandes complejos multiméricos, e incluso, organismos enteros. Los numerosos proyectos de secuenciación genómica han proporcionado una lista casi completa de los componentes que están presentes en un organismo, y los proyectos post-genómicos se han marcado como objetivo la catalogación de sus relaciones.
El campo emergente de la biología de sistemas centra básicamente su atención en desentramar estas relaciones. Por ejemplo, la comprensión de las rutas de señalización o las redes de regulación de los genes radica en un conocimiento exhaustivo de las interacciones proteína-metabolito, proteína-proteína y proteína-ácido nucleico.
A pesar de los importantes avances, la mayoría de los datos disponibles sólo proporcionan información sobre las moléculas que interaccionan, sin dar detalles sobre los mecanismos de interacción. La total comprensión de estos mecanismos requiere del conocimiento de sus estructuras tridimensionales (3-D) y de los detalles atómico-moleculares que caracterizan cada interacción. Información precisa sobre estos detalles permitirán un diseño más racional de experimentos dirigidos a alterar una interacción y por lo tanto perturbar cualquier sistema en el cual esté implicada.
Líneas de Investigación
Nuestro interés científico se centra en el campo de la bioinformática estructural, y más concretamente, en el uso de estructuras en 3D de alta resolución como medio para descubrir las bases moleculares de cómo operan los grandes complejos moleculares y las redes celulares.
Financiación
Este grupo recibe financiación de las siguientes instituciones:
- Comisión Europea
- ICREA – Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats
Más información
Bioinformática estructural
Incorporating high-throughput proteomics experiments into structural biology pipelines: identification of the low-hanging fruits
Pache RA and Aloy P
Proteomics, 8 (10), 1959-1964 (2008)
Towards a molecular characterisation of pathological pathways
Pache RA, Zanzoni A, Naval J, Mas JM and Aloy P
FEBS Lett, 582 (8), 1259-1265 (2008)
A molecular interpretation of genetic interactions in yeast
Stein A and Aloy P
FEBS Lett, 582 (8), 1245-1250 (2008)
Shaping the future of interactome networks
Aloy P
Genome Biol, 8 (10), 316 (2007)
Structural systems biology: modelling protein interactions
Aloy P and Russell RB
Nat Rev Mol Cell Biol, 7 (3), 188-197 (2006)
Proteome survey reveals modularity of the yeast cell machinery
Gavin AC, Aloy P et al
Nature, 440 (7084), 631-636 (2006)
Target selection for complex structural genomics
Bravo J and Aloy P
Curr Opin Struct Biol, 16 (3), 385-392 (2006)
Discovery and hypothesis generation through bioinformatics
Dopazo J and Aloy P
Genome Biol, 7 (2), 307 (2006)
Ten thousand interactions for the molecular biologist
Aloy P and Russell RB
Nat Biotechnol, 22 (10), 1317-1321 (2004)
Structure-based assembly of protein complexes in yeast
Aloy P et al
Science, 303 (5666), 2026-2029 (2004)
Interrogating protein-interaction networks through structural biology
Aloy P and Russell RB
Proc Natl Acad Sci USA, 99 (9), 5896-5901 (2002)
Bioinformática estructural
Patrick Aloy
Investigador Principal
ICREA Research Professor
Tel Oficina : +34 93 403 96 90
correo-e : paloyirbbarcelona.org
Postdoctoral Fellow
Andreas Zanzoni
tel + 34 93 403 96 89
andreas.zanzoniirbbarcelona.org
Roberto Mosca
tel +34 93 403 96 89
roberto.moscairbbarcelona.org
PhD Student
Amelie Stein
tel + 34 93 403 96 89
asteinirbbarcelona.org
Roland Pache
tel + 34 93 403 96 89
roland.pacheirbbarcelona.org
Marc Duocastella
+34 93 403 9689
marc.duocastellairbbarcelona.org
Research Assistant
Verónica Martínez Ocaña
tel +34 93 403 96 90
veronica.martinezirbbarcelona.org
Clara Berenguer Balaguer
PhD Student
tel + 34 93 403 96 89
clara.berenguerirbbarcelona.org
Ricart Lluís i Mir
Lab Technician
tel +34 93 403 96 89
ricart.lluisirbbarcelona.org
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