El IRB Barcelona se posiciona como referente en transcriptómica de célula única con la incorporación de nuevo equipamiento

En el año 2000 se secuenció por primera vez el genoma humano. Actualmente, somos capaces de secuenciar diferentes tipos de organismos, observar con alta definición sus tejidos, e incluso conocer la diversidad celular que conforma cada uno de ellos. 
Todo esto es gracias a la tecnología que conocemos como transcriptómica de célula única (del inglés Single Cell Transcriptomics). 

“A lo largo de los años se han definido un gran número de marcadores biológicos que permiten la identificación de diferentes tipos celulares y de sus estadios. Estos marcadores tienen el potencial de permitir la definición y la caracterización de procesos patológicos mediante técnicas de inmunohistoquímica e inmunofluorescencia. No obstante, cuando hablamos de procesos patológicos en los cuales participan tipos celulares desconocidos, o que incluso conllevan a la reprogramación de estadios celulares en los tejidos, es frecuente que no dispongamos de los marcadores más adecuados. Aquí es donde entra la tecnología transcriptómica de célula única. Esta técnica permite analizar las células de una muestra de tejido complejo, una a una, comparar sus similitudes o diferencias y usar esas comparaciones para definir marcadores de expresión génica”, explica el Dr. Freddy Miguel de Oliveira Monteiro, jefe de la plataforma tecnológica de Genómica Funcional del IRB Barcelona. 

Recientemente, el IRB Barcelona ha adquirido a través de Bonsai Lab, el representante de 10x Genomics en España, el equipo Chromium Controller. Una maquinaria de alta precisión con la que, a través de la microfluídica, se puede interrogar la expresión génica de miles de células en simultáneo y de forma individualizada. “Es un equipo que destaca sobre otros ya que la técnica empleada permite disminuir el margen de error y aumentar la cantidad de células procesadas. Concretamente, en 18 minutos consigue analizar hasta 8 muestras con un total de 80.000 células”, explica el Dr. Monteiro. 

Tras la compra del equipo, se realizó un Core Lab Programme para promover el uso de la tecnología en el propio Instituto. Los grupos de investigación interesados podían proponer sus proyectos y postularse a diferentes premios relacionados con el uso de este equipo. El primer ganador fue el Dr. Lluís Ribas, jefe del laboratorio de Gene Translation en el IRB Barcelona, que podrá llevar a cabo cuatro reacciones, con un coste aproximado de 9.000€. Esto supone el análisis de unas 40.000 células.

El proyecto del Dr. Ribas estudiará la dinámica de la maquinaria de traducción génica durante la inflamación humana, usando apéndices como modelo de proceso inflamatorio. Gracias a su colaboración con el hospital Sant Joan de Déu de Barcelona, este grupo ha podido confirmar la posibilidad de observar un gradiente de inflamación, incluyendo sus estadios iniciales, en este órgano. Esta estrategia permite estudiar los mecanismos de regulación de la cascada inflamatoria en la muestra de un individuo, por tanto, con el mismo perfil genético. 

Gracias a los datos que esta tecnología proporciona se pueden comprobar y elaborar nuevas hipótesis en diferentes campos de investigación. Cada vez hay más métodos que facilitan el descubrimiento de nuevos biomarcadores, la definición de subpoblaciones celulares, o el estudio de la evolución celular a lo largo del tiempo. 

La incorporación de este nuevo equipo posiciona al IRB Barcelona como pionero en una maquinaria revolucionaria. El Chromium Controller de 10x Genomics proporciona una solución amplia y escalable para la caracterización celular y el perfil de expresión génica de cientos a decenas de miles de células, que aportará grandes avances en las diferentes líneas de trabajo del Instituto.