L’IRB Barcelona obre un nou laboratori per a l'anàlisi de “Big Data” genòmic

Fran Supek s'incorpora a l'IRB Barcelona amb el laboratori "Genome Data Science" (aGENDAS).
Fran Supek s'incorpora a l'IRB Barcelona amb el laboratori "Genome Data Science" (aGENDAS).

El científic croat Fran Supek llança el seu laboratori “Genoma Data Science” (aGENDAS).

aGENDAS s'inicia aquest abril i promourà la investigació en “Big Data”, una àrea estratègica també per al Barcelona Institute of Science and Technology (BIST).

Amb aquest nou grup, l'Institut acull un total de 24 laboratoris i 7 plataformes tecnològiques.

L'investigador en l'àrea de la bioinformàtica i la genòmica Fran Supek (Zagreb, Croàcia, 1981) s'incorpora a l'IRB Barcelona amb el laboratori "Genome Data Science" (aGENDAS) dins del programa de Biologia Estructural i Computacional. El seu grup té com a objectiu abordar importants qüestions biològiques mitjançant l'anàlisi estadística de dades massives provinents de càncer humà, poblacions humanes, seqüenciació de l'ADN ambiental (metagenòmica) i genomes microbians totalment seqüenciats. La incorporació de Supek també s'inscriu en l'àrea estratègica de recerca en “Big Data” que promourà en els propers anys el Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), en el qual s'inclou l'IRB Barcelona.

El grup aGENDAS investigarà els mecanismes biològics darrere de diversos processos mutacionals que modelen els genomes d'éssers humans i altres organismes durant l'evolució. En particular, el càncer és una malaltia causada per mutacions en l'ADN. Tals mutacions també poden destacar potencials oportunitats terapèutiques. El grup de Supek, que inicialment estarà format per quatre membres, utilitzarà mètodes d'intel·ligència artificial d'avantguarda per entendre què causa les mutacions en l'ADN humà, quines parts del genoma es veuen afectades i també tractarà de detectar vulnerabilitats tumorals que puguin obrir noves vies per a un tractament personalitzat.

"Podem reconèixer fàcilment mutacions en l'ADN produïdes, per exemple, pel fum del tabac en el càncer de pulmó o pels raigs ultraviolats en melanoma. No obstant això, recents anàlisi dels genomes dels tumors suggereixen que hi ha molts altres factors que causen mutacions i, en molts casos, desconeixem les causes. Algunes són producte d'errors en el sistema de reparació de l'ADN de les cèl·lules tumorals, que acceleren el càncer i el fan més agressiu i resistent als fàrmacs. Aquest mateix procés fallit pot ser al mateix temps una debilitat i atacant-lo podríem destruir el tumor mentre conservem les cèl·lules sanes", explica Fran Supek.

L'experiència d'aquest grup en algoritmes d'aprenentatge automàtic permetrà als investigadors revelar patrons en bases de dades molt grans, complexes i sovint incompletes derivades de genomes humans i epigenomes. L'aprenentatge automàtic pot proporcionar enfocaments únics per a descobrir els intricats mecanismes de com es manté la integritat de l'ADN en les cèl·lules humanes. Això inclou la resiliència a les mutacions en les cèl·lules somàtiques, que formen diversos teixits humans, però també en les cèl·lules germinals, on les mutacions es transmeten a la descendència, sent així una causa potencial de malalties familiars i altres fenotips heretables.

Carrera professional de Fran Supek

Fran Supek és llicenciat en Biologia Molecular i Doctor per la Facultat de Ciències i Matemàtiques de la Universitat de Zagreb (Croàcia). El 2010 va arribar a Barcelona per incorporar-se com a investigador postdoctoral a la Unitat de Recerca en Biologia de Sistemes EMBL / CRG al Centre de Regulació Genòmica (CRG), on ha estudiat genomes de tumors humans al laboratori de "Sistemes Genètics" del Dr. Ben Lehner. El seu treball ha proporcionat una nova visió de com les cèl·lules humanes protegeixen regions importants del genoma de mutacions, com algunes d'aquestes mutacions poden causar tumors encara que semblin ser "silencioses", i com els mecanismes de control de qualitat de les cèl·lules s'ocupen de missatges produïts a partir de gens mutats.

La investigació de Supek ha resultat en 29 publicacions científiques, 18 de les quals com a primer autor o investigador responsable de l'estudi, entre les quals figuren articles a Cell, Nature i Nature Genetics. És coinventor d'una patent i té una participació en l’"spin-off" BioZyne com a científic involucrat en la seva creació al 2004. L’any 2016, Fran Supek va rebre la beca Ramón y Cajal, altament competitiva, atorgada pel Ministeri d'Economia i Competitivitat (MINECO) .

El compromís amb la promoció del talent de l'IRB Barcelona 

La incorporació de Supek reforça l'aposta del centre per reclutar talent amb projecció d'excel·lència i oferir oportunitats de lideratge a científics joves. "L'entorn científic que ofereix l'IRB Barcelona és molt estimulant i adequat per als meus plans de recerca. És una excel·lent institució per a que un investigador principal que comença desenvolupi la seva carrera i una recerca de primer nivell. Espero que la meva feina aquí complementi altres línies d'investigació biomèdica del centre", destaca Fran Supek.

Amb la incorporació d'aquest nou grup, l'IRB Barcelona compta amb un total de 24 laboratoris i 7 plataformes tecnològiques.

 

Sobre l'IRB Barcelona
Creat el 2005 per la Generalitat de Catalunya i la Universitat de Barcelona, l'IRB Barcelona és Centre d'Excel·lència Severo Ochoa des de 2011. El seu objectiu és fer recerca d'excel·lència en biomedicina i millorar la qualitat de vida de les persones i, al mateix temps, tenir cura de la formació de talent, la transferència tecnològica i la comunicació social de la ciència. Els 24 laboratoris i set plataformes tecnològiques treballen per respondre a preguntes bàsiques en biologia i orientades a malalties com ara el càncer, la metàstasi, l’Alzheimer, la diabetis i malalties rares. És un centre internacional que acull més de 400 treballadors de 36 nacionalitats. Està ubicat en el Parc Científic de Barcelona. L’IRB Barcelona forma part del Barcelona Institute of Science and Technology (BIST) i la xarxa de Centres de Recerca de Catalunya (CERCA).