Images
L’equip liderat per David Rossell i Patrick Aloy de l’IRB Barcelona i l’empresa Anaxomics Biotech, entre els millors del món en pronosticar i classificar pacients en un “test a cegues” per a quatre patologies.
Les biociències estan generant una quantitat ingent de dades a una velocitat sense precedents per la qual cosa donar valor i extraure informació útil i fiable de les bases de dades és cada vegada més difícil i complex. Amb el suport de la comunitat científica, IBM Research i Philip Morris International (PMI) R&D van llançar el maig el projecte IMPROVER (Industrial Methodology for PROcess VErification in Research) amb l’objectiu de desafiar als millors investigadors biocomputacionals d’arreu del món a demostrar la funcionalitat dels seus mètodes per explotar la informació genòmica amb finalitats predictives i clíniques, i que els resultats fossin fiables i verificables.
El primer repte plantejat per IMPROVER, anomenat “Diagnosis Signature”, ha consistit en separar i classificar a grups de pacients per a quatre malalties explotant dades genòmiques de mostres clíniques, en el que es denomina un test a cegues. L’equip liderat per l’IRB Barcelona i Anaxomics Biotech ha aconseguit la quarta posició mundial, en una competició en la qual han participat 54 equips, procedents majoritàriament d’Europa i els Estats Units. La presentació del projecte es va publicar a Nature Biotechnology i els resultats de la competició seran, així mateix, presentats properament en revistes científiques d’alt impacte.
Segons David Rossell, cap de la Plataforma de Bioestadística i Bioinformàtica de l’IRB Barcelona i dissenyador dels algoritmes probabilístics de predicció, “aquests reptes internacionals són molt eficaços com a prova de concepte, és a dir, per demostrar que és possible predir i que pot fer-se bé, tota vegada que s’exposen al món les tècniques més avançades i eficaces per aconseguir-ho. “A més”, explica Patrick Aloy, cap de grup en el programa conjunt IRB Barcelona-BSC de biologia computacional, especialitzat en caracteritzar xarxes moleculars per a diferents patologies, “la competició afavoreix la creació d’un cos d’evidència científica fort davant la comunitat biomèdica, tant d’investigadors com de metges, el que dóna valor i aporta confiança cap a les tècniques biocomputacionals i les seves possibles aplicacions industrials”.
El mètode: incorporar informació biològica a algoritmes estadístics
El repte consistia en avaluar i verificar amb aproximacions computacionals mostres de pacients amb psoriasis, esclerosi múltiple, obstrucció pulmonar crònica i càncer de pulmó. L’aproximació de l’equip liderat per l’IRB Barcelona ha estat doble: en primer lloc, Anaxomics Biotech ha aportat informació publicada sobre proteïnes involucrades en cadascuna de les patologies. El doctor Aloy ha ampliat aquesta documentació biològica amb dades no publicades d’altres molècules clarament involucrades. Després, el doctor Rossell, ha integrat la informació biològica als seus mètodes probabilístics de predicció. “Es tracta de separar el gra de la palla: identificar quin subgrup de gens dels milers amb que treballem són rellevants per a incorporar-los a l’anàlisi. És una combinació de coneixement previ basat en xarxes i dades experimentals per obtenir millors prediccions”, explica Rossell.
El primer repte d’IMPROVER ha posat de relleu la capacitat predictiva de la biocomputació donat que la immensa majoria de participants ha pogut diagnosticar als pacients amb una certesa propera al 90%, i en alguns casos al 100%.
Els organitzadors plantegen donar al projecte IMPROVER una continuïtat de quatre anys. De moment, ja han anunciat que el segon repte es llançarà el 2013.
Més informació al web d’IMPROVER.
IRB Barcelona
L’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona) treballa per aconseguir una vida lliure de malalties. Desenvolupa una recerca multidisciplinària d’excel·lència per curar el càncer i altres malalties vinculades a l'envelliment. Treballa establint col·laboracions amb la indústria farmacèutica i els principals hospitals per fer arribar els resultats de la recerca a la societat a través de la transferència de tecnologia, i du a terme diferents iniciatives de divulgació científica per mantenir un diàleg obert amb la ciutadania. L’IRB Barcelona és un centre internacional que acull al voltant de 400 investigadors de més de 30 nacionalitats. Reconegut com a Centre d'Excel·lència Severo Ochoa des de 2011, és un centre CERCA i membre del Barcelona Institute of Science and Technology (BIST).
