Nous resultats del Consorci Espanyol per a l'Estudi del Genoma de la Leucèmia


El treball de recerca, fet públic a la revista Nature
Genetics
, ha estudiat el genoma de cent pacients amb leucèmia i ha
identificat més de mil nous gens mutats en el desenvolupament d'aquesta malaltia

Aquest estudi suposa un gran avançament cap a la culminació dels
objectius del Consorci Espanyol per a l'Estudi del Genoma de la
Leucèmia Limfàtica Crònica

Un col·lectiu espanyol d'investigadors, entre els quals figuren els científics de l’IRB Barcelona, Modesto Orozco, Josep Lluís Gelpí i Romina Royo, del Programa Conjunt en Biologia Computacional amb el Barcelona Supercomputing Center,
ha obert noves vies en la investigació sobre el càncer al seqüenciar la part codificant dels genomes de més de cent pacients. “El análisis del extraordinario volumen de datos que implica un proyecto de estas características representa un reto que resultaría prácticamente inviable sin el concurso de la supercomputación. Estamos manejando en este momento cerca de 30Tb de datos que se multiplicarán por 30 al final del estudio”, señala Modesto Orozco.

Aquest estudi, fet públic per la revista Nature Genetics, està dirigit pels investigadors Elías Campo, de l'Hospital Clínic - IDIBAPS i la Universitat de Barcelona, i Carlos López-Otín, de la Universidad de Oviedo, i ha comptat amb la participació de 40 investigadors del Consorci Espanyol del Genoma de la Leucèmia Limfàtica Crònica. Aquesta organització s'emmarca dins del Consorci Internacional dels Genomes del Càncer.

Les claus de l'estudi

"La leucèmia limfàtica crònica és la leucèmia més freqüent en els països occidentals, amb més de mil nous pacients diagnosticats cada any al nostre país", ha comentat Elías Campo. "El nostre anterior treball va proporcionar les primeres claus sobre les mutacions que provoquen la proliferació incontrolada dels limfòcits B en aquests pacients, però atès que els mecanismes que generen els tumors són molt diversos cal seqüenciar els genomes tumorals de molts pacients".
Encara que se sap que el càncer és una malaltia que es produeix per l'acumulació de danys genètics en les cèl·lules normals, fins ara la identificació d'aquests canvis era un procés molt lent i laboriós. En aquest treball, els investigadors, emprant les noves tecnologies de seqüenciació, han simplificat aquest procés al centrar-se en l’exoma, compost per les parts del genoma que contenen les regions codificants dels gens.

D'aquesta manera, es poden estudiar les posicions més rellevants seqüenciant tot just un 2% dels 3.000 milions de nucleòtids que componen un genoma complet. Les mutacions específiques del tumor es poden detectar després de comparar la seqüència de l’exoma de les cèl·lules tumorals dels pacients amb la seqüència corresponent a les cèl·lules sanes del mateix individu.

"Aquesta aproximació ens ha permès identificar les mutacions que es produeixen més freqüentment durant el desenvolupament d'aquesta leucèmia" ha afegit López-Otín. "L'anàlisi conjunt dels més de mil gens mutats en les cèl·lules tumorals dels 105 pacients estudiats ha revelat la participació de noves rutes bioquímiques que poden ser molt rellevants en la recerca d'alternatives terapèutiques per a aquesta forma de leucèmia", ha conclòs.

Campo i López-Otín han assenyalat que "d'especial interès en aquest sentit ha resultat la troballa de mutacions recurrents en el gen denominat SF3B1, implicat en la maduració dels ARN missatgers, un procés essencial en la vida de les cèl·lules".

Consorci espanyol per a l'Estudi del Genoma de la Leucèmia

El Consorci Espanyol per a l'Estudi del Genoma de la Leucèmia Limfàtica Crònica (CLL Genome, www.cllgenome.es) està finançat pel Ministeri de Ciència i Innovació, a través de l'Instituto de Salud Carlos III, amb 10 milions d'euros de finançament directe i s'emmarca dins del Consorci Internacional dels Genomes del Càncer (ICGC, www.icgc.org).

El ICGC es va posar en marxa a finals de 2008 amb la participació de nou equips internacionals de recerca, entre ells, el Consorci Espanyol del Genoma de la Leucèmia Limfàtica Crònica. Fa un any, la revista Nature va publicar l'article fundacional de l'ICGC en el que es destacava la potencial rellevància dels resultats d'aquest projecte per al desenvolupament de nous mètodes de diagnòstic i teràpies contra el càncer, ja que el consorci planeja coordinar a escala global la seqüenciació i l'anàlisi de 500 genomes tumorals de cada un dels 50 càncers més freqüents.

El passat 7 de juliol, Nature també va publicar els avenços dels participants espanyols en el ICGC, basats en l'anàlisi dels quatre primers genomes complets de pacients amb leucèmia limfàtica crònica. El treball que va publicar ahir revista Nature Genetics confirma la utilitat dels mètodes més ràpids d'obtenció de dades genòmiques i representa un gran avenç cap a la culminació dels objectius del Consorci Espanyol per a l'Estudi de la Leucèmia Limfàtica Crònica.

Article de referència:

Exome sequencing identifies recurrent mutations of the splicing factor SF3B1 gene in chronic lymphocytic leukemia

Nature Genetics (2011) (doi:10.1038/ng.1032)

Aricle de Juny 2011 en Nature (aop)