El Consorci del Genoma del Tomàquet ha seqüenciat i assemblat l’ADN genòmic d’aquesta espècie hortofrutícola, concretament el d’una varietat domesticada, la Heinz 1706. Científics de diferents centres europeus, entre els quals hi ha Modesto Orozco, David Torrents i Xavier Pastor, investigadors del programa conjunt del Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS) i l’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona), han combinat esforços per obtenir la seqüència d’aquesta solanàcia. Aquesta seqüència, així com els resultats de la seva anàlisi, s’acaben de publicar a la revista Nature.
La seqüenciació de qualsevol genoma proporciona un material necessari per a l’estudi i la reconstrucció de l’evolució dels organismes. La identificació de senyals que suggereixin episodis clau en l’evolució de les espècies s’assoleix mitjançant l’extensiva comparació de genomes. En aquest estudi, el genoma del tomàquet s’ha comparat amb diferents espècies properes, entre les quals hi ha una varietat salvatge de tomàquet, la patata i el raïm. Aquestes comparacions han posat al descobert que el genoma del tomàquet, igual que el d’altres plantes, ha patit duplicacions completes durant la seva evolució.
Aquests fenòmens són molt rellevants des d’un punt evolutiu ja que ofereixen un marc òptim perquè els gens afectats per aquestes duplicacions explorin noves funcions que contribueixin a l’evolució i millora de l’espècie. En concret, en el tomàquet s’han observat evidències que suggereixen que el seu genoma ha patit dues rondes de triplicacions en els últims 120 milions d’anys de la seva evolució. Una d’elles va tenir lloc, probablement, abans que els raïms i els tomàquets evolucionessin de forma diferent. L’altra, la més recent, es remunta fins a un ancestre comú entre el tomàquet i la patata. Aquest estudi també revela que, en el cas del tomàquet, aquestes triplicacions han tingut especial impacte en els gens que controlen característiques com ara la carnositat, el color i la maduració.
La seqüenciació i publicació de la seqüència genòmica del tomàquet crea les bases moleculars per estudiar aquesta espècie hortícola i investigar formes de conreu que permetin generar estratègies per fer que aquesta espècie resisteixi plagues i l'escassetat d’aigua per permetre d’aquesta forma un conreu efectiu també en regions més pobres i àrides.
En aquest projecte, a banda del BSC-CNS i l’IRB Barcelona, també hi han participat el CNAG, l’Instituto Nacional de Bioinformática, el Centre de Regulació Genòmica, l’Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas (CSIC-UPV), l’Instituto de Hortofruticultura Subtropical y Mediterránea La Mayora (UMA-CSIC), ICREA i l’empresa Sistemas Genómicos del Parque Tecnológico de Valencia.
Autor: Oficina de premsa del Barcelona Supercomputing Center
