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Un equipo de investigadores británicos y españoles ha creado a COCO, una herramienta informática que aumenta las posibilidades de representar las proteínas a partir de datos tomados con resonancia magnética nuclear. El estudio, que se publica en el número de abril de la revista Proteins, ayuda a mejorar la información contenida en los bancos de datos de proteínas.
“Los experimentos de resonancia magnética nuclear (NMR) facilitan, entre otras cosas, datos sobre la conformación de las proteínas, y COCO (del inglés, COmplementary COordinates: coordenadas complementarias) es un servidor creado para explorar si alguna conformación proteica coherente con esos datos pasa desapercibida”, explica Modesto Orozco, del Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona).
Los científicos utilizan los datos de la tecnología NMR y proponen los “conjuntos de estructuras” de proteínas que mejor se ajustan a ellos. Esta información la depositan en bases de datos internacionales, como la PDB (Protein Data Bank), pero no refleja toda la diversidad de posibilidades que proporcionan los datos NMR.
El servidor COCO, cuyas características se detallan este mes en la revista Proteins, analiza la distribución de los conjuntos de estructuras propuestos y genera otro conjunto que ofrece nuevas soluciones más ajustadas a los datos. Esta herramienta informática está basada en el análisis de componentes principales, una técnica estadística empleada para sintetizar la información de las bases de datos con muchas variables.
Según sus creadores el programa es “muy rápido” ya que puede analizar conjuntos de hasta 25 elementos en menos de dos minutos usando un ordenador convencional. El software está disponible gratuitamente en la web de este proyecto internacional de investigación en biología computacional (http://www.ccpb.ac.uk/).
COCO es fruto de la colaboración entre la Universidad de Nottingham y el European Bioinformatics Institute, ambos en Reino Unido, junto a las instituciones españolas IRB Barcelona, Instituto Nacional de Bioinformática y el Centro Nacional de Supercomputación de Barcelona (BSC).
Artículo relacionado:
“COCO: a simple tool to enrich the representation of conformational variability in NMR structures”.
Laughton C.A., Orozco M., Vranken W.
Proteins 75(1): 206-216, Abril de 2009.
IRB Barcelona
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