Nous avançaments en la representació de proteïnes

proteica obtinguda amb COCO. Imatge: Laughton et al.
proteica obtinguda amb COCO. Imatge: Laughton et al.

Un equip d’investigadors britànics i espanyols ha creat COCO, una eina informàtica que augmenta les possibilitats de representar les proteïnes a partir de dades aconseguides amb ressonància magnètica nuclear. L’estudi, que es publica en el número d’abril de la revista Proteins, ajuda a millorar la informació continguda als bancs de dades de proteïnes.

“Els experiments de ressonància magnètica nuclear (NMR) faciliten, entre d’altres coses, dades sobre la conformació de les proteïnes, i COCO (de l’anglès, COmplementary COordinates: coordenades complementàries) és un servidor creat per explorar si alguna conformació proteica coherent amb aquestes dades passa desapercebuda”, explica Modesto Orozco, de l’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona).

Els científics utilitzen les dades de la tecnologia NMR i proposen els “conjunts d’estructures” de proteïnes que millor s’ajusten a aquestes dades. Aquesta informació la dipositen en bases de dades internacionals, como la PDB (Protein Data Bank), però no reflexa tota la diversitat de possibilitats que proporcionen les dades NMR.

El servidor COCO, les característiques del qual es detallen aquest mes a la revista Proteins, analitza la distribució dels conjunts d’estructures proposats i genera un altre conjunt que ofereix noves solucions més ajustades a les dades. Aquesta eina informàtica està basada en l’anàlisi de components principals, una tècnica estadística emprada per sintetitzar la informació de les bases de dades amb moltes variables.

Segons els seus creadors el programa es “molt ràpid” ja que pot analitzar conjunts de fins a 25 elements en menys de dos minuts amb un ordinador convencional. El software està disponible gratuïtament en el web d’aquest projecte internacional de recerca en biologia computacional (http://www.ccpb.ac.uk).

COCO és fruït de la col•laboració entre la Universitat de Nottingham i l’European Bioinformatics Institute, tots dos al Regne Unit, juntament amb les institucions espanyoles IRB Barcelona, Institut Nacional de Bioinformàtica i el Centro Nacional de Supercomputació de Barcelona (BSC).

Article relacionat:
“COCO: a simple tool to enrich the representation of conformational variability in NMR structures”.
Laughton C.A., Orozco M., Vranken W.
Proteins 75(1): 206-216, Abril 2009.