Images
Un equip d’investigadors britànics i espanyols ha creat COCO, una eina informàtica que augmenta les possibilitats de representar les proteïnes a partir de dades aconseguides amb ressonància magnètica nuclear. L’estudi, que es publica en el número d’abril de la revista Proteins, ajuda a millorar la informació continguda als bancs de dades de proteïnes.
“Els experiments de ressonància magnètica nuclear (NMR) faciliten, entre d’altres coses, dades sobre la conformació de les proteïnes, i COCO (de l’anglès, COmplementary COordinates: coordenades complementàries) és un servidor creat per explorar si alguna conformació proteica coherent amb aquestes dades passa desapercebuda”, explica Modesto Orozco, de l’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona).
Els científics utilitzen les dades de la tecnologia NMR i proposen els “conjunts d’estructures” de proteïnes que millor s’ajusten a aquestes dades. Aquesta informació la dipositen en bases de dades internacionals, como la PDB (Protein Data Bank), però no reflexa tota la diversitat de possibilitats que proporcionen les dades NMR.
El servidor COCO, les característiques del qual es detallen aquest mes a la revista Proteins, analitza la distribució dels conjunts d’estructures proposats i genera un altre conjunt que ofereix noves solucions més ajustades a les dades. Aquesta eina informàtica està basada en l’anàlisi de components principals, una tècnica estadística emprada per sintetitzar la informació de les bases de dades amb moltes variables.
Segons els seus creadors el programa es “molt ràpid” ja que pot analitzar conjunts de fins a 25 elements en menys de dos minuts amb un ordinador convencional. El software està disponible gratuïtament en el web d’aquest projecte internacional de recerca en biologia computacional (http://www.ccpb.ac.uk).
COCO és fruït de la col•laboració entre la Universitat de Nottingham i l’European Bioinformatics Institute, tots dos al Regne Unit, juntament amb les institucions espanyoles IRB Barcelona, Institut Nacional de Bioinformàtica i el Centro Nacional de Supercomputació de Barcelona (BSC).
Article relacionat:
“COCO: a simple tool to enrich the representation of conformational variability in NMR structures”.
Laughton C.A., Orozco M., Vranken W.
Proteins 75(1): 206-216, Abril 2009.
IRB Barcelona
L’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona) treballa per aconseguir una vida lliure de malalties. Desenvolupa una recerca multidisciplinària d’excel·lència per curar el càncer i altres malalties vinculades a l'envelliment. Treballa establint col·laboracions amb la indústria farmacèutica i els principals hospitals per fer arribar els resultats de la recerca a la societat a través de la transferència de tecnologia, i du a terme diferents iniciatives de divulgació científica per mantenir un diàleg obert amb la ciutadania. L’IRB Barcelona és un centre internacional que acull al voltant de 400 investigadors de més de 30 nacionalitats. Reconegut com a Centre d'Excel·lència Severo Ochoa des de 2011, és un centre CERCA i membre del Barcelona Institute of Science and Technology (BIST).
