Vés al contingut

Les simulacions biomoleculars s'acosten a la comunitat científica amb BioExcel Building Blocks Workflows

14 jul. 22

Images

Participants

Contact

Imatge
Press and Communications Officer
Tel.+34 93 40 37255

El laboratori de Modelització Molecular i Bioinformàtica, dirigit pel Dr. Modest Orozco, presenta BioExcel Building Blocks Workflows (BioBB-*Wfs) a la revista Nucleic Acids Research.

Aquesta interfície gràfica d'usuari altament intuïtiva i interactiva ajuda a la comunitat científica amb els processos més comuns i repetitius de les simulacions biomoleculars.

Barcelona, 13 de juliol de 2022 - Originat a finals dels anys 70, el camp de la Dinàmica Molecular (DM) es dedica a construir una comprensió de la biologia a nivell molecular. En aquest sentit, aquest camp utilitza mètodes teòrics per a analitzar, modelar i predir estructures, mecanismes, dinàmiques i propietats de flexibilitat de les biomolècules (els compostos químics que es troben en els organismes vius).

Descrita com el "microscopi computacional de la biologia molecular", la DM proporciona informació sobre mecanismes i processos als quals no es pot accedir directament mitjançant experiments. A més, és fonamental per a guiar el procés de descobriment i disseny de fàrmacs.

Encara que els temps de simulació s'acosten ara als biològicament rellevants, l'ús pràctic de la DM continua veient-se obstaculitzat per una pronunciada corba d'aprenentatge i una tediosa sèrie d'accions per part de l'usuari.

Per tal de fer front a aquest obstacle, el laboratori de Modelització i Dinàmica Molecular, dirigit pel Dr. Modest Orozco, ha llançat BioExcel Building Blocks Workflows (BioBB-*Wfs). Presentada a la revista Nucleic Acids Research, aquesta eina aprofita la potència del nou maquinari, les tecnologies web i l'amplada de banda de la xarxa per a acostar les simulacions biomoleculars a la comunitat científica.

La plataforma BioBB-Wfs és una interfície gràfica d'usuari (GUI) basada en la web. Aquesta innovadora eina ofereix als usuaris un conjunt de fluxos de treball preconfigurats i fiables per a realitzar estudis biomoleculars transversals.

Aquesta eina permet tant als no experts com als usuaris avançats realitzar processos computacionalment exigents de manera remota. La sofisticada interfície gràfica d'usuari permet als usuaris preparar i executar estudis de simulació i els ofereix un alt nivell d'interactivitat, ajudant-los a fer les tasques de manera eficient i garantint la reproducibilidad.

El disseny i desenvolupament de BioBB-Wfs va començar fa cinc anys. L'eina es va concebre com una actualització i ampliació de MDWeb, una plataforma basada en la web desenvolupada anteriorment pel grup. Cal destacar que, encara que MDWeb es va desenvolupar fa 10 anys, continua rebent més de 20.000 visites al mes, una xifra que reflecteix la gran demanda de simulacions de DM.

La plataforma BioBB-Wfs es nodreix de la biblioteca BioExcel Building Blocks, desenvolupada en el Centre d'Excel·lència BioExcel (BioExcel CoE) (en el qual el IRB Barcelona és un dels principals socis). Aquesta biblioteca s'actualitza regularment, amb noves versions cada tres mesos.

La plataforma BioBB-Wfs s'ha desenvolupat gràcies a l'ajuda del BioExcel CoE. Amb l'objectiu d'incrustar la computació a escala extrema en el cor de la recerca en Ciències de la Vida, BioExcel CoE va començar com un projecte finançat per la UE H2020 en 2015, va continuar la seva segona fase en 2019 i ara s'està preparant per a la seva tercera fase, que possiblement començarà el 2023.

 

Article relacionat:

BioExcel Building Blocks Workflows (BioBB-Wfs), an integrated web-based platform for biomolecular simulations.

Genís Bayarri, Pau Andrio, Adam Hospital, Modesto Orozco, Josep Lluís Gelpí

Nucleic Acids Research, Volume 50, Issue W1, 5 July 2022, Pages W99–W107, https://doi.org/10.1093/nar/gkac380

 

IRB Barcelona

L’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona) treballa per aconseguir una vida lliure de malalties. Desenvolupa una recerca multidisciplinària d’excel·lència per oferir solucions pioneres a necessitats mèdiques no resoltes en el càncer i altres malalties vinculades a l’envelliment. Treballa establint col·laboracions amb la indústria farmacèutica i els principals hospitals per fer arribar els resultats de la recerca a la sociedad a través de la transferència de tecnologia, i du a terme diferents iniciatives de divulgació científica per mantenir un diàleg obert amb la ciutadania. L’IRB Barcelona és un centre internacional que acull al voltant de 400 treballadors de més de 30 nacionalitats. Reconegut com a Centre d'Excel·lència Severo Ochoa des de 2011, és un centre CERCA i membre del Barcelona Institute of Science and Technology (BIST).