Images
Maria Macias, Pau Martín i Joan Massagué escriuen a Trends in Biochemical Sciences (TIBS) un article de revisió sobre la família de proteïnes Smads, claus en càncer
L'article va acompanyat d'una aplicació web on es poden explorar les estructures 3D disponibles i els canvis en les Smads en diferents metazous, la seva variabilitat en humans i les mutacions en tumors
Maria Macias, investigadora ICREA de l'IRB Barcelona i líder del grup Caracterització estructural dels complexos macromoleculars, i Joan Massagué, director de l'Sloan Kettering Cancer Center, han publicat una revisió i una aplicació web sobre les proteïnes Smads en el número de juny de Trends in Biochemical Sciences (TIBS), del grup Cell.
Les proteïnes Smads conformen una família de factors de transcripció que transmeten els senyals iniciats per les hormones TGF-Beta, fonamentals en el desenvolupament embrionari, la regeneració de teixits i el correcte funcionament cel·lular. A més d'aquestes funcions les proteïnes Smads atreuen gran interès pel seu rol com a supressors tumorals.
Les mutacions en les Smads limiten la seva capacitat supressora, de manera que aquestes s'acumulen en tumors: "Les dades actuals indiquen que tumors com els de pàncrees o còlon mostren mutacions de Smad2 i 4 amb freqüències superiors al 25%. La majoria d'aquestes mutacions impliquen pèrdua de funció, el que es pot correlacionar amb alteracions en les regions d'interacció i amb danys en l'estructura 3D ", explica Macias.
El treball combina la informació disponible de seqüències de les Smads i analitza com les seves variacions poden afectar les estructures, la regulació i la funció. "L'objectiu és aprofitar la informació disponible gràcies als projectes de seqüenciació de genomes, ja siguin d'organismes, de poblacions humanes o de tumors, i combinar-la amb les estructures de proteïnes disponibles. Per primera vegada comptem amb seqüències no només d'organismes model, sinó també d'alguns tan enigmàtics com el placozou; nombrosos vertebrats, incloent el neandertal i primats actuals; i milers de seqüències de poblacions humanes, així com variacions en diferents tipus de tumors. La idea és buscar si hi ha o no patrons comuns de diferències i analitzar el seu possible efecte en l'estructura i en la funció ", diu Macias.
Visualització en 3D
La quantitat d'informació recollida a través de diverses bases de dades genòmiques va ser tan gran que els científics van decidir crear una webapp on es puguin comparar fàcilment les seqüències de les Smads i mostrar les estructures de proteïnes en 3D i les seves variacions associades a malaltia i publicar-la juntament amb les figures més convencionals de l'article. "Aquesta idea va ser molt ben acollida per l'editora de TIBS", assenyala la investigadora.
La conservació de les Smads al llarg de l'evolució és “extraordinàriament” alta, el que indica que són peces fonamentals per a la vida. En general, estan mutades en molts tumors de teixits molt diferents. “Amb aquesta revisió i la seva aplicació web es pot veure fàcilment on són aquestes mutacions en les estructures", explica Macias.
El treball ofereix una fotografia estructural completa per als diferents tipus de Smads i contribueix a visualitzar com les mutacions afecten a l'estructura i la funció, el que es podria explotar terapèuticament en un futur.
Web app: http://smad.maciasnmr.net/
Article de referència:
Structural determinants of Smad function in TGF-β signaling
Maria J. Macias, Pau Martín-Malpartida and Joan Massagué
Trends in Biochemical Sciences (June 2015) DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.tibs.2015.03.012
IRB Barcelona
L’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona) treballa per aconseguir una vida lliure de malalties. Desenvolupa una recerca multidisciplinària d’excel·lència per curar el càncer i altres malalties vinculades a l'envelliment. Treballa establint col·laboracions amb la indústria farmacèutica i els principals hospitals per fer arribar els resultats de la recerca a la societat a través de la transferència de tecnologia, i du a terme diferents iniciatives de divulgació científica per mantenir un diàleg obert amb la ciutadania. L’IRB Barcelona és un centre internacional que acull al voltant de 400 investigadors de més de 30 nacionalitats. Reconegut com a Centre d'Excel·lència Severo Ochoa des de 2011, és un centre CERCA i membre del Barcelona Institute of Science and Technology (BIST).
