Images
- Investigadors de l’IRB Barcelona revelen que els enfocaments computacionals més utilitzats podrien passar per alt informació clau a l’hora d’estudiar com interactuen les cèl·lules dins dels teixits.
- En combinar dades de transcriptòmica espacial i de cèl·lules individuals en càncer, cervell i cor, l’estudi mostra que moltes interaccions cel·lulars predites no es corresponen amb la seva proximitat real en el teixit.
- El treball subratlla la necessitat de desenvolupar eines més avançades per entendre com es coordinen les cèl·lules en salut i malaltia.
Un equip format per Elena Pareja i el Dr. Patrick Aloy a l’IRB Barcelona ha publicat a Genome Biology, un estudi que qüestiona la fiabilitat de les estratègies actuals per predir la comunicació entre cèl·lules. Els investigadors van integrar dades de seqüenciació d’ARN a nivell de cèl·lula individual amb transcriptòmica espacial procedents de teixit mamari amb càncer, escorça cerebral i cor, per analitzar de manera sistemàtica com l’entorn de cada cèl·lula influeix en la seva activitat genètica i en les seves interaccions amb les cèl·lules veïnes.
Les seves anàlisis van revelar que, tot i trobar-se en contextos diferents del teixit, les cèl·lules del mateix tipus no mostraven grans diferències en l’expressió gènica global. A més, les eines computacionals més populars, que prediuen la comunicació cel·lular identificant gens de lligands i receptors, sovint indicaven interaccions entre tipus cel·lulars que ni tan sols es trobaven pròxims entre si dins del teixit.
“Aquests resultats són un toc d’alerta per al camp, perquè mostren que, si volem entendre realment com les cèl·lules coordinen les seves funcions, necessitem models que integrin la informació espacial de manera molt més rigorosa”, afirma el Dr. Patrick Aloy, investigador ICREA i cap de grup a l’IRB Barcelona.
L’estudi suggereix que, tot i que els mètodes actuals són útils per proposar possibles interaccions moleculars, no són suficients per reflectir com el microambient local condiciona el diàleg real entre les cèl·lules. Els autors destaquen la importància de desenvolupar nous enfocaments computacionals que permetin identificar interaccions dependents del context amb més precisió, quelcom essencial per desentranyar processos complexos com el desenvolupament tissular, la regeneració o la progressió de malalties.
Article de referència:
Systematic assessment of microenvironment‑dependent transcriptional patterns and intercellular communication
Elena Pareja‑Lorente and Patrick Aloy
Genome Biology (2025) DOI: 10.1186/s13059-025-03677-5
IRB Barcelona
L’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona) treballa per aconseguir una vida lliure de malalties. Desenvolupa una recerca multidisciplinària d’excel·lència per curar el càncer i altres malalties vinculades a l'envelliment. Treballa establint col·laboracions amb la indústria farmacèutica i els principals hospitals per fer arribar els resultats de la recerca a la societat a través de la transferència de tecnologia, i du a terme diferents iniciatives de divulgació científica per mantenir un diàleg obert amb la ciutadania. L’IRB Barcelona és un centre internacional que acull al voltant de 400 investigadors de més de 30 nacionalitats. Reconegut com a Centre d'Excel·lència Severo Ochoa des de 2011, és un centre CERCA i membre del Barcelona Institute of Science and Technology (BIST).
